新疆农业大学后勤系统紧紧围绕学校的发展战略规划，不断探索创新，建立了学校和各实体以委托经营、合同管理、独立核算、职能部门监督的小机关、多实体、大服务的运行机制，为学校的教学、科研及师生员工学习、工作、生活提供良好的后勤服务保障。

学校后勤系统由后勤服务处党委、行政以及饮食中心、物业中心、水电暖中心、校医院等四个服务实体组成，家属区物业服务企业乌鲁木齐市老满城物业服务有限责任公司实行托管。截至2025年3月，全系统有员工986人，其中学校在编人员62人，自聘人员423人，餐厅、浴室等托管人员501人。

后勤服务处党委下设五个支部，党员53人。后勤服务处机关下设办公室、基建科。办公室负责综合协调，代表后勤服务处对各中心履行合同任务和经济财务情况进行督查，同时兼负学校爱卫会、绿委会、控烟办、防控办工作职责；基建科负责全校新建、维修及改造工程的计划、手续、施工管理和竣工验收等工作；后勤服务处代表学校与四个服务实体形成甲乙方关系，依照委托管理合同，完成服务任务。