新疆农业大学后勤系统紧紧围绕学校的发展战略规划，不断探索创新，建立了学校和各实体以委托经营、合同管理、独立核算、职能部门监督的小机关、多实体、大服务的运行机制，为学校的教学、科研及师生员工学习、工作、生活提供良好的后勤服务保障。

后勤系统含后勤管理处和四个服务实体,成立后勤管理处基层党委和工会组织。后勤管理处机关编制14人，其中处级领导4人，下设党政办公室、计划督查科、基建科；各服务实体包括物业管理服务中心、饮食服务中心、水电暖服务中心、校医院。现有员工700余人，其中学校在编人员93人，聘用人员600多人。